学校现有博士学位授权一级学科12个、二级学科51个，博士专业学位授予类别3个，硕士学位授权一级学科20个、二级学科95个，硕士专业学位授予类别20个；国家重点学科和重点培育学科4个，部省重点学科20个。作物学为国家“双一流”建设学科，5个学科入选四川省“双一流”建设贡嘎计划建设学科。植物学与动物学、农业科学2个学科进入ESI世界前1‰学科行列，生物与生物化学、环境科学与生态学、化学、微生物学、工程学、分子生物学与遗传学、社会科学、临床医学等10个学科进入ESI世界前1%学科行列，农学、兽医学2023年分别排名软科世界一流学科第11位和第19位。